Un navire de guerre est commandé par un officier de marine ou un officier marinier (équivalent à sous-officier dans les autres armées), appelé commandant, quel que soit son grade. Il est assisté par un commandant ou par un officier en second
En France, les commandants sont nommés par décret du président de la République (pour les officiers) ou par décision ministérielle (officiers mariniers). Une « lettre de commandement » (ou un "ordre de commandement" pour les officiers mariniers) leur est adressée et une cérémonie militaire dite de « prise de commandement » officialise ce fait devant l'équipage de l'unité
L'autorité du commandant est entière en toutes circonstances ; il dispose de pouvoirs disciplinaires et d'appréciation sur tout le personnel de son bâtiment. Il assure des responsabilités administratives relatives au personnel, au matériel et aux finances. Il reçoit des attributions judiciaires
Sa responsabilité est de préparer son unité aux missions qu'il peut recevoir, préserver la disponibilité du bâtiment, exécuter les missions qui lui sont confiés et défendre l'honneur du pavillon, tout en respectant et faisant respecter les lois, les règlements en vigueur et les ordres reçus. En l'absence d'ordres, il prend à son initiative les mesures lui permettant d'accomplir sa mission
